Azərbaycanda tibb elminin, o cümlədən ağciyər xəstəlikləri və vərəm əleyhinə mübarizənin elmi əsaslarının qurulması 1919-cu ildə Baki Dövlət Universitetinin yaradılması və onun nəzdində tibb fakültəsinin açılması ilə sıx bağlıdır. Vərəmin respublikada yayılmasını nəzərə alaraq, onun əleyhinə mübarizəni gücləndirmək, profilaktika, müalicə tədbirlərini hazırlamaq, ftiziatriyanın inkişafına təkan vermək məqsədi ilə Xalq Komissarları Sovetinin 16 may 1944-cü il tarixli 761 №-li qərarı və Azərbaycan xalq səhiyyə komissarının 31 iyul 1944-cü il tarixli sərəncamı ilə Bakı şəhərində ET Vərəm İnstitutu yaradılır (müdiri t.e.n. Əhməd Cəbrayil oğlu Nurməmmədov).
İlk dövrlərdə ET Vərəm İnstitutunda “Vərəmin müharibə dövründə klinik gedişi”, “Hərbçilər arasında vərəmin yayılması, “Yerli əhali arasında sümük-oynaq vərəminin, limfadenitin yayılması”, “Vərəmin müharibə dövründə patomorfoloji xüsusiyyətləri” kimi problemlər öyrənilir (professor P. İ. Blişenko, professor Q. Səlimxanov, V. Abdullayevin tədqiqatları). ET Vərəm İnstitutunda yeni müalicə metodları tətbiq olunmağa başlayır. Bu dövrdə respublikada doğulan uşaqlar arasında vərəm əleyhinə kütləvi peyvənd edilir. Əhali arasında sanitariya-maarif işləri genişləndirilir. 1971-ci ildə Azərbaycan Kommunist Partiyasının Mərkəzi Komitəsinin I katibi Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə ET Vərəm İnstitutunun yeni binası inşa olunur və istifadəyə verilir.
1971-ci ildə institutda artıq onlarca səmərələşdirici təklif, bir necə elmi ixtira qeydə alınır, monoqrafiya, metodik tövsiyələr və təkcə Azərbaycan və SSRİ də deyil, eyni zamanda xarici ölkələrdə çoxlu məqalələr dərc olunur. İnstitutunun əməkdaşları xarici ölkələrə məruzələr, təcrübə mübadiləsi üçün ezam olunurlar. 90-ci illərdə artıq ET Vərəm İnstitutunun alimləri dünyanın tanınmış elmi mərkəzləri ilə geniş əməkdaşlıq edirlər və inkişafda olan elmi məktəbin nüfuzu getdikcə artır. İnstitutun nailiyyətləri göz qabağında idi. Aparılan genişmiqyaslı tədqiqatlar nəticəsində məlum olur ki, respublikamızda təkcə vərəm yox, bronx-ağciyər xəstəlikləri də geniş yayılmışdır (1:12 nisbətində). Bu tədqiqatların nəticələri əsasında təklif edilmişdir institutun ET Ftiziatriya və Pulmonologiya İnstitutu adlandırılması təklifi irəli sürülür.
İnstitut Azərbaycan Respublikasında vərəm, tənəffüs orqanlarının qeyri-spesifik infeksiyaları, həmçinin qeyri-infeksion xəstəlikləri üzrə elmi-tədqiqat, təşkilati, konsultativ, pedaqojı və praktiki Mərkəz kimi fəaliyət göstərən əsas müəssisədir. Hal hazırda 12 klinik şöbələri əhatə edən 6 Elmi Bölmədən ibarətdir. 2009-cu ildən İnstitutun nəzdində Milli İstinad Laboratoriyası və 8 palatadan ibarət Xüsusi Təhlükəli Respirator İnfeksiyalar şöbəsi fəaliyyət göstərir. İnstitutda 400-ə yaxın əməkdaş çalışır, onlardan 57 həkimdir - 1 nəfər tibb elmləri doktoru, 15 nəfər tibb üzrə fəlsəfə doktorudur. Hal hazırda tibb üzrə fəlsəfə doktoru elmi adı almaq məqsədilə 6 nəfər elmi-tədqiqat dissertasiya işini yerinə yetirir. Həmçinin, 2 nəfər Mikrobiologiya və 1 nəfər Laboratoriya işi ixtisasları üzrə rezidenturada təhsil alır. İnstitutun elmi istiqaməti: Аzərbaycan Rеspublikası əhalisinin sаğlamlığının və хəstəliklərinin regional хüsusiyyətləri: mоnitorinq, еpidemiologiya, müаlicə və рrоfilаktikа üsullarının təkmilləşdirilməsi. Elmi istiqamətindən irəli gələn aktual prоblemlər üzrə elmi tədqiqatlar yerinə yetirilir. "Аzərbaycanda vərəm хəstəliyinin еrkən diaqnostikа, müаlicə və рrоfilaktikа tədbirlərinin təkmilləşdirilməsi" problemi çərçivəsində əsas vərəməleyhinə preparatlara davamlılığın göstəricisi kimi vərəm mikrobakteriyalarının molekulyar – genetik mutasiyaları öyrənilmişdir. "Bronxoobstruktiv sindromla müşahidə edilən qeyri-infeksion xəstəliklərin epidemioloji və kliniki-funksional xüsusiyyətləri" problemi çərçivəsində aparılan tədqiqatlarda Bakı şəhərində bronxial astma və ağciyərlərin xroniki obstruktiv xəstəliyinin yayılması öyrənilmişdir. "Аzərbaycan Respublikasında COVİD-19 infeksiyasının еrkən diaqnostika, müalicə və profilaktika tədbirlərinin təkmilləşdirilməsi" problemi çərçivəsində COVİD-19 xəstələrinin kliniki-laborator, radioloji səciyyələndirilməsi aparılır. İnstitut əməkdaşları müxtəlif yerli və beynəlxalq konfranslarda və digər tədbirlərdə aktiv iştirak edir, müntəzəm bilik və bacarıqlarını təkmilləşdirilər
